黑龙江中医药大学北药基础与应用研究重点实验室始建于2002年，该实验室是由中药学学科、方剂学学科、中药鉴定学学科、中药化学学科四个学科的研究团队整合组建而成。建设的主要任务是立足开发北药，加强其基础研究，通过理论与技术创新以及构建技术平台，提高北药研究水平；加强应用研究，通过创新品种、大品种的二次开发，提高北药的技术水平。达到提高中药企业创新能力的目的。 

学校的建筑面积为81000 m²的综合大楼划拨给实验室4个楼层作为实验室用房，届时北药基础与应用研究面积将达9340m²，学校支出2527.365万元，购置了UPLC-QTOF-MS、核磁共振、光谱仪等仪器设备。

实验室主要研究方向：中药及复方药效物质基础研究；中药复方配伍规律研究；中药及复方作用机理及安全性评价；中药新药开发研究。建立了“中药药效物质分离、纯化、制备技术平台”、建立了符合GLP要求，的药物安全性评价中心、建立了“防治精神性疾病创新药物的药效学评价平台”、建立了“药物新型给药系统技术平台”。两年来，承接完成了葵花药业的葵花护肝片二次开发、哈尔滨市第五医院的清热口服液质量标准及毒理研究、中国医学科学院植物所的药用资源调查等共计27个单位、166项委托项目，为企业创造了巨大的产值，为地方经济的发展做出了重大贡献。 

实验室现有固定研究人员78人，其中高级职称38人，中级职称26人，初级职称14人。博士导师16人，硕士导师14人。实验室立项建设以来，共承担各级各类课题95项，其中国家级项目20项，获得各类科研项目总资助经费3487.31万元；获各级各类奖励33项，其中国家技术发明二等奖1项，省部级奖励13项；实验室共发表219篇论文，其中SCI收录论文27篇；共培养博士研究生56人，硕士研究生102人。实验室建立至今已为企业培养了一批高素质医药人才，为促进地方经济建设起到了重要作用。已为企业培训相关专业技术和管理人才43人。 

进一步凝练和打造特色研究方向，充分发挥实验室的每个研究方向的优势，不断蓄积实力，力争在本领域达到国内一流、国际知名的学术地位。加强人才培养和梯队建设；提高研究生特别是博士生培养能力；积极开展与国内外著名研究机构的交流与合作；在能力允许范围内，聘请更多知名学者来实验室工作、讲学；培养一批在国内外有一定影响的中青年学术骨干。